L'analisi eseguita mediante Next Generation Sequencing (NGS) è progettata per esaminare le regioni codificanti e le giunzioni di splicing dei geni inclusi nel test.

L'analisi di sequenziamento consente di rilevare varianti a singolo nucleotide (SNV) e grandi delezioni/duplicazioni nei geni analizzati.

Le varianti sono classificate secondo gli standard di interpretazione ACMG/AMP utilizzando database pubblici, tra cui dbSNP-NCBI, ClinVar-NCBI e gnomAD. Verranno refertate esclusivamente varianti patogenetiche o probabilmente patogenetiche.

Varianti benigne, probabilmente benigne e varianti di significato incerto non verranno refertate, ma possono essere segnalate in determinate circostanze. La classificazione delle varianti si basa sulla comprensione dei geni e delle varianti al momento dell’analisi; ulteriori conoscenze acquisite in futuro potrebbero portare alla riclassificazione delle varianti identificate.

Anche se la tecnologia NGS e l'analisi bioinformatica riducono significativamente il contributo delle sequenze di pseudogeni o di altre sequenze altamente omologhe, queste possono ancora interferire occasionalmente con la capacità tecnica dell'analisi di identificare varianti patogeniche.

Possono essere utilizzati metodi ortogonali per confermare varianti con punteggi di qualità bassi e per soddisfare gli standard di copertura.

Questo test non rileverà certi tipi di alterazioni genomiche che possono causare malattie, tra cui traslocazioni e inversioni, espansioni di ripetizioni (es. trinucleotidi o esanucleotidi), alterazioni nella maggior parte delle regioni regolatorie (es. regioni promotrici) o regioni introniche a più di 20 bp da un esone.

Questo test non è progettato o validato per rilevare eventi di mosaicismo somatico o mutazioni somatiche.

Il test del portatore per l’X Fragile fornisce informazioni sullo stato di portatore della Sindrome dell’X Fragile, che è causata, nella maggioranza dei casi, da espansioni in una sequenza ripetuta (CGG)n.

Il test è eseguito mediante amplificazione PCR fluorescente della regione trinucleotidica ripetuta situata nella regione 5' UTR del gene FMR1.

Il metodo non consente di rilevare varianti a singolo nucleotide (anche conosciute come mutazioni puntiformi), delezioni e/o duplicazioni geniche, o lo stato di metilazione del gene.

Il tasso di rilevamento analitico di Genescreen è elevato e varia a seconda delle singole malattie. Il rischio residuo è la probabilità che il paziente sottoposto a test sia un portatore anche dopo essere risultato negativo al test di screening.

Il rischio residuo è strettamente correlato alla frequenza dei portatori della malattia e al tasso di rilevamento del test per quella condizione.

La frequenza dei portatori può variare ampiamente tra diverse popolazioni/gruppi etnici. Il rischio residuo fornito da Genescreen viene calcolato mediante un algoritmo interno.