Genescreen
Genescreen è un test di screening che permette di identificare i portatori sani di molteplici malattie genetiche in modo da verificare il rischio riproduttivo del paziente relativamente a disordini monogenici ereditari.
Genescreen offre un’analisi ad ampio spettro che consente ai pazienti di prendere decisioni riproduttive più informate: effettuare Genescreen prima della gravidanza consente ai futuri genitori di acquisire maggior consapevolezza della propria salute riproduttiva.
Diverse organizzazioni scientifiche mondiali hanno pubblicato linee guida per l'uso dello screening del portatore, inclusi vantaggi, limitazioni e fondamenti tecnici ed etici da tenere in considerazione (ACOG, ACMG, RANZCOG, SIGU).
GENESCREEN
Pannelli disponibili
GENESCREEN
A chi è indicato
Genescreen può essere utilizzato come strumento di pianificazione familiare, permettendo ai futuri genitori di effettuare il test individualmente o con il loro partner riproduttivo, per valutare il rischio di avere figli affetti da patologie genetiche.
È stato evidenziato come la maggior parte delle persone sia portatrice di almeno una malattia genetica e di solito non sia consapevole del proprio stato di portatore poiché in buona salute e senza una storia familiare indicativa di specifiche patologie genetiche.
Per questo motivo, lo screening può essere offerto prima o durante la gravidanza a tutte le donne in età riproduttiva e ai loro partner riproduttivi, nonché ai donatori di gameti (ovociti o spermatozoi).
Genescreen è particolarmente indicato in alcune circostanze, in particolare quando c'è consanguineità (stabilita o presunta), quando i due partner provengono da una piccola regione o quando appartengono a una specifica ascendenza genetica (es. Ebrei Aschenaziti, Finlandesi).
Avere una storia familiare positiva per una malattia genetica è un'indicazione per lo screening preconcezionale/prenatale del portatore; tuttavia, è consigliabile discutere con uno specialista sanitario, o un consulente genetico, le migliori opzioni per il test.
GENESCREEN
Metodo di analisi
Genescreen combina diverse metodologie di analisi genetiche e pipeline bioinformatiche per fornire uno screening dei portatori completo, che rileva varianti patogeniche in centinaia di geni.
L'analisi eseguita mediante Next Generation Sequencing (NGS) è progettata per esaminare le regioni codificanti e le giunzioni di splicing dei geni inclusi nel test.
L'analisi di sequenziamento consente di rilevare varianti a singolo nucleotide (SNV) e grandi delezioni/duplicazioni nei geni analizzati.
Le varianti sono classificate secondo gli standard di interpretazione ACMG/AMP utilizzando database pubblici, tra cui dbSNP-NCBI, ClinVar-NCBI e gnomAD. Verranno refertate esclusivamente varianti patogenetiche o probabilmente patogenetiche.
Varianti benigne, probabilmente benigne e varianti di significato incerto non verranno refertate, ma possono essere segnalate in determinate circostanze. La classificazione delle varianti si basa sulla comprensione dei geni e delle varianti al momento dell’analisi; ulteriori conoscenze acquisite in futuro potrebbero portare alla riclassificazione delle varianti identificate.
Anche se la tecnologia NGS e l'analisi bioinformatica riducono significativamente il contributo delle sequenze di pseudogeni o di altre sequenze altamente omologhe, queste possono ancora interferire occasionalmente con la capacità tecnica dell'analisi di identificare varianti patogeniche.
Possono essere utilizzati metodi ortogonali per confermare varianti con punteggi di qualità bassi e per soddisfare gli standard di copertura.
Questo test non rileverà certi tipi di alterazioni genomiche che possono causare malattie, tra cui traslocazioni e inversioni, espansioni di ripetizioni (es. trinucleotidi o esanucleotidi), alterazioni nella maggior parte delle regioni regolatorie (es. regioni promotrici) o regioni introniche a più di 20 bp da un esone.
Questo test non è progettato o validato per rilevare eventi di mosaicismo somatico o mutazioni somatiche.
Il test del portatore per l’X Fragile fornisce informazioni sullo stato di portatore della Sindrome dell’X Fragile, che è causata, nella maggioranza dei casi, da espansioni in una sequenza ripetuta (CGG)n.
Il test è eseguito mediante amplificazione PCR fluorescente della regione trinucleotidica ripetuta situata nella regione 5' UTR del gene FMR1.
Il metodo non consente di rilevare varianti a singolo nucleotide (anche conosciute come mutazioni puntiformi), delezioni e/o duplicazioni geniche, o lo stato di metilazione del gene.
Il tasso di rilevamento analitico di Genescreen è elevato e varia a seconda delle singole malattie. Il rischio residuo è la probabilità che il paziente sottoposto a test sia un portatore anche dopo essere risultato negativo al test di screening.
Il rischio residuo è strettamente correlato alla frequenza dei portatori della malattia e al tasso di rilevamento del test per quella condizione.
La frequenza dei portatori può variare ampiamente tra diverse popolazioni/gruppi etnici. Il rischio residuo fornito da Genescreen viene calcolato mediante un algoritmo interno.
Pubblicazioni scientifiche a supporto
- Carrier screening in the age of genomic medicine. Committee Opinion No. 690. American College of Obstetricians and Gynecologists. Obstet Gynecol 2017;129e35-40.
- Carrier screening for genetic conditions. Committee Opinion No. 691. American College of Obstetricians and Gynecologists. Obstet Gynecol 2017;129: e41-55.
- Edwards et al. Expanded Carrier Screening in Reproductive Medicine--Points to Consider. A Joint Statement of the American College of Medical Genetics and Genomics, American College of Obstetricians and Gynecologists, National Society of Genetic Counselors, Perinatal Quality Foundation, and Society for Maternal-Fetal Medicine. Obstet Gynecol 2015; 1253.
- Genetic carrier screening. Royal Australian and New Zealand College of Obstetricians and Gynaecologists, RANZCOG. 2022. https://ranzcog.edu.au/wp-content/uploads/2022/05/Geneticcarrier-screeningCObs-63New-March-2019_1.pdf.
- Cavalli P, Capalbo A, Novelli V, Zuccarello D, Lonardo F, Giardina E, Calabrese O, Bizzoco D, Bianca S, Scarano G, Grati FR. Considerazioni sull'utilizzo del Carrier Screening (CS) ed Expanded Carrier Screening (ECS) in ambito riproduttivo. Italian Society of Human Genetics, SIGU. 2021. https://sigu.net/wp-content/uploads/2021/10/ConsiderazionisullutilizzodelCarrierScreeningCSedExpandedCarrierScreeningECSinambitoriproduttivorev20_07_2021.pdf.
- Miller DT, Lee K, Abul-Husn NS, Amendola LM, Brothers K, Chung WK, Gollob MH, Gordon AS, Harrison SM, Hershberger RE, Klein TE, Richards CS, Stewart DR, Martin CL; ACMG Secondary Findings Working Group. Electronic address: documents@acmg.net. ACMG SF v3.2 list for reporting of secondary findings in clinical exome and genome sequencing: A policy statement of the American College of Medical Genetics and Genomics (ACMG). Genet Med. 2023 Aug;25(8):100866.